Määritysaika lyhenee huomattavasti noin tunnista muutamaan minuuttiin äskettäin raportoidulla RTF-EXPAR-menetelmällä, joka käyttää käänteistranskriptaasivapaata (RTF) lähestymistapaa RNA tulee DNA sen jälkeen EXPAR (Exponential Amplification Reaction) monistukseen yhdessä lämpötilassa.
Koron hallinta Covid-19 leviäminen vaatii tarkan ja nopeamman virustestausstrategian. RT-PCR- (käänteiskopioijapolymeraasiketjureaktio), tarkin tällä hetkellä käytössä oleva testausmenetelmä on kaksivaiheinen testi, joka kestää noin 60 minuuttia näytettä kohti.
Birminghamin yliopiston tutkijat ovat raportoineet uudesta menetelmästä SARS-CoV-2:n havaitsemiseksi. Tämä voisi mahdollistaa paljon nopeamman testauksen ja on riittävän herkkä.
Viruksen RNA:n havaitseminen RT-PCR- (käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktio) sisältää viruksen RNA:n muuntamisen komplementaariseksi DNA:ksi (cDNA), mitä seuraa cDNA:n monistus kvantitatiivisella PCR:llä (qPCR). Sitten cDNA havaitaan käyttämällä fluoresoivaa väriainetta. Tämä kestää jopa tunnin.
Määritysaika lyhenee huomattavasti noin tunnista muutamaan minuuttiin äskettäin raportoidulla RTF-EXPAR-menetelmällä, joka käyttää käänteistranskriptaasivapaata (RTF) lähestymistapaa RNA:n muuntamiseen DNA sen jälkeen EXPAR (Exponential Amplification Reaction) monistukseen yhdessä lämpötilassa. Yhdessä lämpötilassa tapahtuva vahvistus on avain nopeuteen, koska se välttää RT-PCR:n pitkiä lämmitys- ja jäähdytysvaiheita. Lisäksi monistettava DNA-osio on pienempi verrattuna RT-PCR:ään. Näin ollen EXPAR tuottaa jopa 108 DNA-tuotteen juostetta muutamassa minuutissa. Dupleksin muodostumista seurataan, kuten RT-PCR-menetelmässä käyttämällä fluoresoivaa väriainetta SYBR Green.
Mielenkiintoista on, että uutta menetelmää voidaan muokata havaitsemaan useita muita RNA-virusten aiheuttamia tartuntatauteja, kuten Ebola, RSV jne.
Lähteet):
Carter et al (2020). SARS-CoV-5 RNA:n alle 2 minuutin havaitseminen käyttämällä käänteistranskriptaasivapaata eksponentiaalista monistusreaktiota, RTF-EXPAR. Preprint. Julkaistu medRxivissä Julkaistu 04. tammikuuta 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
